Potrivit primului Regulament de ordine interioară, intrat în vigoare în luna decembrie 1880, conservarea „Archivelor generale” ale Băncii Naţionale a României a fost încredinţată Secretariatului general, unul din cele şapte servicii ale băncii. În anul 1885, documentele menţionează existenţa funcţiei de arhivar general, deţinută de Napoleon Carabulea. Acesta era retribuit cu 450 lei lunar, unul dintre cele mai mari salarii din institutul de emisiune, într-o epocă în care salariul secretarului general se ridica la 850 lei, iar 1 kg de carne costa 0,80 lei şi 1 kg de peşte 0,90 lei.
Instrucţiunile pentru sucursalele şi agenţele Băncei, întocmite în 1911 sub semnătura guvernatorului Anton Carp şi a secretarului-general I.G. Bibicescu, conţineau îndrumări cu privire la organizarea corespondenţei şi a actelor create în bancă. Astfel, documentele erau grupate în dosare, după următoarele categorii: corespondenţa confidenţială, specială, rapoarte etc.; „notele de informaţiuni” despre prezentatorii la scont; circularele Administraţiei centrale privitoare la personal; corespondenţa între Administraţia centrală şi sedii, precum şi între sedii; actele justificative de casă şi borderourile cupoanelor scontate etc.; borderourile fiecărui prezentator la scont; toate celelalte acte. Pe lângă îndrumările privind ordonarea documentelor în dosare, sunt consemnate şi indicaţii referitoare la numerotarea filelor, certificarea şi inscripţionarea dosarelor, ordonarea acestora în arhivă pe ani şi trecerea lor într-un registru repertoriu. Cele mai vechi registre de evidenţă a arhivei Băncii Naţionale a României cuprind informaţii despre documente din perioada 1891-1893.
În timpul Primului Război Mondial, când Administraţia centrală a BNR s-a retras la Iaşi (noiembrie 1916-1 decembrie 1918), o parte din arhiva Centralei BNR a fost transportată în Moldova şi apoi la Moscova, în cadrul celui de-al doilea transport al tezaurului, în iulie 1917. Restul arhivei a rămas la Bucureşti, integritatea sa nefiind afectată de ocupaţia germană. Arhiva curentă a sucursalelor şi agenţiilor BNR a avut o soartă asemănătoare. Documentele mai vechi, aşa cum precizau instrucţiunile, au fost închise în tezaurul fiecărui sediu, cheile fiind încredinţate funcţionarului însărcinat cu paza, cele cu utilizare imediată fiind trimise la Iaşi. La 16 iunie 1935, o parte din arhiva trimisă la Moscova a revenit la Bucureşti.
În perioada interbelică, în cadrul Secretariatului general a funcţionat Secţiunea arhivă, condusă de Ilie M. Ionescu. Una din problemele acestei perioade a reprezentat-o spaţiul insuficient de depozitare. În 1938, Banca Naţională a României păstra încă, în mare măsură, arhiva creată începând cu anul 1880. Aceasta era depozitată în podul şi într-una dintre sălile imobilului central al băncii, precum şi în subsolul Teatrului Modern (imobil situat parţial pe locul unde astăzi se află Palatul nou al Băncii Naţionale a României). La dărâmarea clădirii Teatrului Modern, în 1939, arhiva din subsolul său a fost mutată într-o clădire din str. Al. Lahovary. În acelaşi timp, arhiva generală a cunoscut o masivă selecţionare. Pentru asigurarea transportării dosarelor între sediul central şi acest depozit a fost achiziţionat „un triciclu căruia i s-a ataşat o cutie închisă”. Acesta nu a rezolvat însă problema transportării prompte a documentelor, de aceea, în martie 1940, arhiva băncii a fost mutată în imobilul din str. Doamnei nr. 2, fostul imobil Marmorosch Blank. Cel care s-a ocupat de selecţionarea şi de mutarea succesivă a arhivei a fost Gh. C. Marinescu, şeful serviciului Secretariat, care a promovat ideea că, în viitor, arhiva trebuie adăpostită într-un spaţiu special amenajat, unde să existe loc şi pentru birourile arhivarului şi ale ajutoarelor sale.
Experienţa Primului Război Mondial a determinat conducerea Băncii Naţionale să adopte în anii celei de-a doua conflagraţii mondiale un ansamblu de măsuri în vederea asigurării protecţiei valorilor, inclusiv a documentelor din arhiva instituţiei. În luna februarie 1943, documentele care prezentau importanţă deosebită, dar nu erau necesare activităţilor curente, au fost evacuate la Govora. Restul documentelor, pentru a fi ferite de bombardamentele aeriene, au fost depozitate în Bucureşti, în locaţii diferite. Arhiva folosită mai rar a fost depozitată în subsolul Palatului nou al băncii, iar arhiva necesară lucrărilor curente în subsolul imobilului Marmorosch Blank.
La începutul anului 1944, când apropierea frontului de graniţele României devenea o realitate din ce în ce mai dureroasă, arhiva serviciilor din Administraţia centrală a fost evacuată la Băile Herculane şi la Păuşeşti-Măglaşi, judeţul Vâlcea, în conacul familiei fostului guvernator Mihail Oromolu.
Revenirea la normalitate după încheierea războiului a însemnat şi readucerea arhivei Băncii Naţionale la Bucureşti, acţiune finalizată până la sfârşitul anului 1945. Documentele au fost depozitate în subsolul Palatului nou al băncii, unde se păstrează până astăzi. Concomitent au fost iniţiate demersuri, finalizate în 1956, pentru reorganizarea arhivei ca structură în cadrul Secretariatului general al Băncii Naţionale a României.
După anul 2000, spaţiile destinate depozitării fondului arhivistic al băncii centrale au cunoscut un amplu proces de renovare şi modernizare, asigurându-se astfel condiţiile optime pentru conservarea tezaurului de documente al Băncii Naţionale a României.
Arhiva instituţiei a dezvoltat de-a lungul timpului, ca urmare a prevederilor legislaţiei arhivistice, o relaţie deosebită cu Arhivele Statului, ulterior Arhivele Naţionale. Astăzi, arhiva băncii centrale îşi desfăşoară activitatea potrivit Legii nr. 312/2004 privind Statutul Băncii Naţionale a României şi Legii nr. 16/1996 a Arhivelor Naţionale cu modificările şi completările ulterioare.